O ano de 2016 começou turbulento. O treinador Leston Junior deixou o comando técnico da equipe, assim como Cloves Santos, um dos principais responsáveis pelo acesso à Série B, em março daquele ano, se desligou do clube por falta de entendimento com a diretoria do clube.

Na sequência, o Tupi foi pra disputa do Campeonato Mineiro e mais uma vez realizou uma campanha irregular, terminando na 9º colocação com 13 pontos. Assim, o clube passou a projetar a Série B do Campeonato Brasileiro, quando seria o momento de maior visibilidade na história do clube. Contudo, o clube teve vários problemas no planejamento para a competição. O clube trocou várias vezes de treinador, tendo 5 técnicos somente naquele ano. Júnior Lopes, Ricardo Drubscky, Estevam Soares, Ricardinho e Júlio Cirico, que era auxiliar técnico. 

Diante desse cenário, o clube acabou fazendo uma campanha bem ruim na competição, amargando a zona de rebaixamento em quase toda a competição. O Tupi terminou na 18º colocação e foi rebaixado para a Terceira Divisão. Em 38 jogos, foram 8 vitórias, 9 empates e 21 derrotas, marcando 40 gols e sofrendo 56.
O cenário político turbulento influenciou muito naquele ano, com a saída de Cloves, chegou Gustavo Mendes para ser o responsável do futebol, contudo, problemas financeiros, contusões de atletas importantes, entre outros fatores culminaram no rebaixamento do clube.

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Os anos seguintes foram de reestruturação e muitos altos e baixos. No Campeonato Mineiro de 2017, o Tupi terminou na oitava colocação com 13 pontos. O clube teve a chegada de Nicanor Pires, em abril de 2017, para ser o homem forte do futebol do clube. O dirigente foi r3sponsável pela montagem da equipe e trouxe Ailton Ferraz para o comando técnico.

De volta ao Campeonato Brasileiro da Terceira Divisão, na Primeira fase, o clube ficou no Grupo B ao lado de Tombense/MG, São Bento/SP, Volta Redonda/RJ, Joinville/SC, Botafogo/SP, Ypiranga/RS, Bragantino/SP, Macaé/RJ e Mogi Mirim/SP. O Tupi terminou a primeira fase em 2º lugar se qualificando para a fase seguinte. Na sequência, enfrentou o Fortaleza/CE e foi eliminado, sendo derrotado por 2 a 0 em Fortaleza e vencendo em Juiz de Fora por 1 a 0. 

Já em 2018, o depois de alguns anos, o Tupi conseguiu realizar um bom Campeonato Mineiro, terminando a competição na quarta colocação. Já pelo Campeonato Brasileiro da Terceira Divisão, na Primeira fase, o clube ficou no Grupo B ao lado de Botafogo/SP, Operário/PR, Cuiabá/MT, Bragantino/SP, Luverdense/MT, Tombense/MG, Ypiranga/RS, Volta Redonda/RJ e Joinville/SC. O Tupi terminou em 9º lugar no grupo e acabou rebaixado para a Quarta Divisão.

O ano de 2019 foi terrível para o clube. Nicanor Pires acabou demitido em fevereiro, assim como toda Comissão Técnica. Após uma péssima performance no Campeonato Mineiro, a equipe acabou na última colocação e foi rebaixado para o Módulo II. Foram apenas quatro pontos em 11 jogos, sendo 4 empates e sete derrotas, marcando seis gols e sofrendo 23. Já pelo Campeonato Brasileiro da Quarta Divisão, na Primeira fase, o clube ficou no Grupo A14 ao lado de Novorizontino/SP, Hercílio Luz/SC e Itaboraí/RJ. O Tupi ficou na última colocação do grupo com 5 pontos, com uma vitória, dois empates e três derrotas. O clube naquele ano ainda disputou a Copa do Brasil, mas foi eliminado logo na primeira fase pelo Santa Cruz de Natal. 

Em 2020, o clube só teve o Módulo II do Campeonato Mineiro no calendário e a campanha foi bem ruim, terminando na sexta colocação. Em 2021, o clube repetiu a performance e terminou na oitava posição.
 

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