Após os dourados anos 80, quando o clube conseguiu expressivos resultados, tanto dentro quanto fora de campo, fruto da reestruturação comandada por Maurício Baptista de Oliveira, o Tupi entra nos anos 90, a princípio, sem as grandes ambições de outrora. Com a saída de Maurício Baptista da presidência do clube, o Tupi passou por um momento de reafirmação, entretanto a continuidade profissional vigente por anos, passava então a ser contestada e os anos de glória estariam prestes a se transformar em pesadelos.

Entre 1990 e 1993, o Tupi disputou e amargou resultados inexpressivos no Campeonato Mineiro, pois o clube já não tinha mais a mesma força da década passada, em função de vários fatores, dentre os principais a falta de investimentos e a saída de Maurício Baptista. A cidade que na época ostentava um novo estádio para prática do futebol, o Estádio Municipal Radialista Mário Helênio, ao invés de estimular os clubes a se fortalecerem, e especialmente o Tupi, que era o único em atividade, parece que agiu de forma contrária, o Galo se encontrava numa terrível situação estrutural e financeira, totalmente sem apoio e o fim era iminente. 

​

O Tupi fazia então, no dia 17 de março de 1993, diante do Villa Nova, o seu último jogo oficial na cidade, sendo rebaixado para segunda divisão do Campeonato Mineiro. Posteriormente viria a criação do que seria um importante e inovador projeto esportivo na cidade.

No final do ano de 1993, nascia da junção entre os maiores clubes de Juiz de Fora, Tupi, Tupynambás e Sport Club, com o intuito de acabar com o ostracismo presente no futebol da cidade, a Cooperativa Manchester de Futebol, clube que seria o representante único da cidade a partir de então. O nome Manchester veio em função de um dos apelidos de Juiz de Fora, “Manchester Mineira”, pela semelhança de seus antigos prédios com as típicas construções inglesas, além da vocação industrial da cidade mineira. Apesar de uma ideia interessante, sua organização e execução não foi das melhores e os resultados foram desastrosos.

Após disputar a segunda divisão em 1994 e conseguir o acesso em 1995, o então Manchester disputaria a primeira divisão do Campeonato Mineiro coberto de expectativas. Porém, o projeto passou a ter seus objetivos comprometidos em função das diferenças existentes entre os três clubes, pois não existia um projeto profissional adequado, com estatuto, estrutura, existia apenas a vontade de se copiar um modelo que já tinha dado certo em outras praças, exemplo maior do Paraná Clube, formado da junção do Colorado e do Pinheiros no Paraná.

 

Entretanto, o projeto juiz-forano não obteve o mesmo êxito e os resultados negativos começaram a aparecer dentro de campo. Até mesmo para a imprensa mineira, principalmente a de Belo Horizonte, o time era reconhecido como Tupi-Manchester, e que o uniforme azul e laranja usado pela equipe era o terceiro uniforme do Tupi, com o escudo do Tupi na manga. O novo clube criado não tinha identidade, sua imagem era associada ao Tupi, desta forma muitos torcedores passaram a até torcer contra, portanto o fim era questão de tempo. 

Naquele ano de 1995, o Manchester realizou vinte e duas partidas no Campeonato Mineiro, obtendo apenas três vitórias. A pífia campanha culminou no rebaixamento do clube e posteriormente no seu precoce fim. Um projeto que até tinha uma boa ideia, contudo não houve um planejamento adequado para que o trabalho surtisse efeito e o fim fora melancólico. 

 

Após o fiasco do Manchester, o Tupi retomou as suas atividades em 1996, e se prepararia para disputar mais uma vez a segunda divisão de Minas, enquanto Tupynambás e Sport voltariam ao ostracismo profissional. Diante de um momento conturbado internamente, quando o presidente do clube na época, Walter Correia de Souza Filho, chegou até a renunciar ao cargo, o Tupi foi sucumbido mais uma vez pela falta de profissionalismo e estrutura e acabou ficando, novamente, pelo caminho no Campeonato Mineiro, não sendo desta vez o tão sonhado acesso à primeira divisão. Os resultados em campo foram desastrosos; o time, que na época era muito fraco, chegou ainda a se classificar para a segunda fase, mas as sequentes derrotas foram culminantes para o fracasso do clube.

O ano de 1997 foi um ano atípico para o Tupi, pois pode ser considerado um dos mais importantes e, ao mesmo tempo, um dos mais tristes da história do clube. Isso tudo pelo fato da equipe ter por duas vezes no ano, tanto no Campeonato Mineiro do módulo II, quanto no Campeonato Brasileiro da série C, chegado perto do êxtase e da glória, ao quase conquistar o acesso de volta à primeira divisão do Mineiro e quase ter conseguido o acesso para a segunda divisão do Campeonato Brasileiro. Esta época pode ser considerada histórica para o Tupi, inesquecível até, mas, sobretudo, triste.

Depois do histórico, porém frustrante, ano de 1997, o Tupi tornaria apenas como coadjuvante nos campeonatos de 1998 e 1999, realizando campanhas apenas discretas, sendo que em 1999 a equipe ficou em quarto lugar, atrás de Uberlândia, Ipatinga e Nacional de Uberaba.

No Campeonato Mineiro de 2000, o Tupi mais uma vez chegava perto do tão sonhado acesso à primeira divisão; mas, mesmo fazendo uma boa campanha durante o torneio, a equipe voltou a pecar nos momentos mais decisivos e acabou sucumbido pelos adversários, entre eles Mamoré de Patos de Minas, Guarani de Divinópolis e a Esportiva de Guaxupé. O Tupi acabaria em quarto lugar, adiando para o ano de 2001 a volta para a elite do futebol mineiro.

 

​

 

​

​

​

​

​

​

​

​

​

​

​

​

​

​

​

​

​

​

​

​

​

​

​

​

​

​